Situé sur le quai Saint-Thomas, le bâtiment d’aujourd’hui remplace un monastère situé au même emplacement.
Cette institution presque millénaire a été sécularisée en l’an 1031. Le « Chapitre » est alors fondé pour gérer les biens de l’Église ; sa mission principale était la gestion du fonctionnement de l’église Saint-Thomas, Saint-Aurélie et Saint-Nicolas.
En 1524 avec la Réforme, le Chapitre devient protestant.
En 1538, la vocation éducative débute avec la création de la Haute École qui deviendra par la suite le Gymnase Jean Sturm. Dès lors, le Chapitre de Saint-Thomas consacre une grande partie de ses ressources à l’enseignement. Cette mission se poursuivra avec la création en 1808 par décret de la faculté de théologie protestante.
En 1544, le Collège Saint-Guillaume est fondé pour héberger les étudiants pauvres qui se destinaient au pastorat. Par la suite, il deviendra le Séminaire Protestant. Bénéficiant des ressources de la fondation Saint Guillaume, il assure sa mission d’hébergement en priorité pour les étudiants en théologie protestante, mais aussi à d’autres étudiants.
En 1873, le Chapitre de Saint-Thomas est officialisé de façon succincte dans un texte de loi de l’Empire allemand. Ce texte régit encore aujourd’hui le fonctionnement du Chapitre.